Genetică

 

Programe instalabile in secțiunea Genetică

StarORF

Descriere:  StarORF facilitează identificarea proteinei codificate în interiorul unei secvențe de ADN. Folosind StarORF , secvența de ADN este mai întâi transcrisă în ARN și apoi tradus în toate potențialele ORF ( Open Reading Frame) codificate în fiecare din cele șase cadre de traducere ( 3 în direcția înainte și 3 în sens invers ). Acest lucru permite elevilor să identifice cadrul de traducere care duce la cea mai lunga secventa de codificare de proteină.

Autor: star.mit.edu

Site: http://star.mit.edu/orf

Email: star@mit.edu

Arhitectura: 32/64 bit
Licenta: GPL
Limba: Engleză

Aevol

Descriere: Aevol este o platformă de genetică digitală open source care surprinde procesul evolutiv folosind algoritmi genetici și modelare individuală. Organismele digitale din Aevol se reproduc, concurează și se mută, evoluând pentru sute de mii de generații în dinamica darwinistă tipică. Persoanele care trăiesc în populații mari interacționează atât pe perioade de timp ecologice cât și evolutive, permițându-ne să investigăm scenarii care de obicei nu pot fi atinse experimental, deoarece putem controla direct și variază caracteristicile selecției (de exemplu dimensiunea populației, tipul de mediu, variațiile de mediu) și rate ale mutațiilor și rearanjamentelor, transfer orizontal). Inspirat de genomica bacteriana si cercetarea experimentala a evolutiei microbiene, Aevol are un model detaliat si realist al genomului caracterizat de un numar potential diferit de gene, arhitectura genetica si proportia de secvente de codare / codificare. Aevol încorporează un set de instrumente pentru reconstrucția și analiza filogeniei, precum și vizualizarea și caracterizarea proprietăților populației și organismului pe parcursul evoluției. O extensie a modelului (R-Aevol) conține un model explicit al reglării expresiei genelor, permițând astfel studierea evoluției rețelelor de reglare a genei.

 

Autor: http://aevol.fr

Site: http://aevol.fr

Email:

Arhitectura: 32/64 bit
Licenta: GPL
Limba: Engleză

 

Gbench

Descriere :

Genome Workbench oferă cercetătorilor un set bogat de instrumente integrate pentru studierea și analizarea datelor genetice. Utilizatorii pot explora și compara date din mai multe surse, inclusiv bazele de date NCBI sau datele personale ale utilizatorului.
Analiza datelor din Genome Workbench este susținută de o serie avansată de instrumente de aliniere standard industriale, printre care BLAST, Clustal, Kalign, MAAFT, printre altele. Învățarea și descoperirea se realizează de-a lungul drumului. Când un cercetător studiază și analizează rezultatele cu Genome Workbench, el vede datele în moduri noi, ceea ce duce la o nouă înțelegere și descoperire.
Utilizatorii sunt invitați să profite de flexibilitatea inclusă prin intermediul acestor instrumente pentru a crea arbori filogenetici, aliniere, vizualizare tabelară etc. a datelor pentru a afișa grafic analizele de date în publicații și prezentări.

Autor: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/gbench/

Site: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/gbench/

Email:

Arhitectura: 64 bit
Licenta: https://ncbi.github.io/cxx-toolkit/pages/ch_style#ch_style.Public_Domain_Notice
Limba: Engleză

 

Stargenetics

Descriere: StarGenetics este un simulator de genetică mendelian, dezvoltat la MIT de către facultatea de biologie, cercetători și tehnicieni instruiți la MIT. StarGenetics le permite studenților să simuleze experimentele de împerechere între organisme care sunt diferite din punct de vedere genetic într-o serie de trăsături pentru a analiza natura trăsăturilor în cauză. Scopul său este de a preda studenților despre designul experimental genetic și conceptele genetice.

 

Autor: http://star.mit.edu/genetics/

Site: http://star.mit.edu/genetics/

Email:

Arhitectura: 64 bit
Licenta: https://ncbi.github.io/cxx-toolkit/pages/ch_style#ch_style.Public_Domain_Notice
Limba: Engleză

 

VGLII

VGLII Virtual Genetics Lab ( VGLII ) este o simulare a transmiterii genetice care aproximează, cât mai fidel, mediul de testare al ipotezelor de cercetare genetică. În acest laborator, elevii combină ființe ipotetice și examinează descendenții pentru a determina mecanismul de moștenire a unei anumite trăsături. Ca și în cercetarea actuală, nu este posibil să se vadă răspunsul – studentul trebuie să decidă pentru el însuși, atunci când a acumulat date suficiente pentru a fi sigur de modelul acestei ființe. Scopul este de a ajuta elevii să înțeleagă logica analizei genetice – cum se poate folosi încrucișarea pentru a determina cum este mostenită o trăsătură genetică și să consolideze înțelegerea mecanismelor de transmitere a caracteristicilor.

 

Autor: http://vgl.umb.edu/

Site: http://vgl.umb.edu/

Email:

Arhitectura: 64 bit
Licenta: GPL
Limba: Engleză

Leave a Comment

Acest sit folosește Akismet pentru a reduce spamul. Află cum sunt procesate datele comentariilor tale.