Genética

Programas instalables en la sección de Genética

StarORF

Descripción: StarORF facilita la identificación de la proteína codificada dentro de una secuencia de ADN. Usando StarORF, la secuencia de ADN se transcribe primero en el ARN y luego se traduce en todo el Marco de Lectura Abierta (ORF) codificado en cada uno de los seis cuadros de traducción (3 en la dirección hacia adelante y 3 en la dirección inversa). Esto permite a los estudiantes identificar el marco de traducción que conduce a la secuencia de codificación de proteínas más larga.

Autor: star.mit.edu

Sitio: http://star.mit.edu/orf

Email: star@mit.edu

Arquitectura: 32/64 bit
Licencia: GPL
Idioma: ingles

Aevol

Aevol es una plataforma de genética digital de código abierto que captura el proceso evolutivo mediante algoritmos genéticos y modelos individuales. Los órganos digitales de Aevol se reproducen, compiten y se mueven, evolucionando durante cientos de miles de generaciones hacia la dinámica darwiniana típica. Las personas que viven en grandes poblaciones interactúan con períodos de tiempo tanto ecológicos como evolutivos, lo que nos permite investigar escenarios a los que normalmente no se puede llegar experimentalmente, porque podemos controlar directamente y variar las características de la selección (por ejemplo, tamaño de la población, tipo de entorno, variaciones ambientales) y tasas de mutaciones y reordenamientos, transferencia horizontal). Inspirado por la genómica bacteriana y la investigación experimental de la evolución microbiana, Aevol tiene un modelo genoma detallado y realista caracterizado por un número potencialmente diferente de genes, arquitectura genética y la proporción de secuencias de codificación / codificación. Aevol incorpora un conjunto de herramientas para la reconstrucción y análisis de la filogenia, así como la visualización y caracterización de las propiedades de la población y el organismo a lo largo de la evolución. Una extensión del modelo (R-Aevol) contiene un patrón explícito de regulación de la expresión génica, que permite el estudio de la evolución de las redes reguladoras de genes.

Autor: http://aevol.fr

Sitio: http://aevol.fr

Email:

Arquitectura: 32/64 bit
Licencia: GPL
Idioma: ingles

Gbench

Descripción:

Genome Workbench ofrece a los investigadores un amplio conjunto de herramientas integradas para estudiar y analizar datos genéticos. Los usuarios pueden explorar y comparar datos de múltiples fuentes, incluidas las bases de datos NCBI o los datos personales del usuario.
El análisis de datos de Genome Workbench está respaldado por un conjunto avanzado de herramientas de alineación industrial estándar, que incluyen BLAST, Clustal, Kalign, MAAFT, entre otras. El aprendizaje y el descubrimiento se realiza en el camino. Cuando un investigador estudia y analiza los resultados con Genome Workbench, ve los datos de nuevas maneras, lo que conduce a una nueva comprensión y descubrimiento.
Se invita a los usuarios a aprovechar la flexibilidad incluida con estas herramientas para crear árboles filogenéticos, alineación, vista de tabla, etc. de datos para visualizar gráficamente análisis de datos en publicaciones y presentaciones.

Autor: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/gbench/

Sitio: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/gbench/

Email:

Arquitectura: 64 bit
Licencia: https://ncbi.github.io/cxx-toolkit/pages/ch_style#ch_style.Public_Domain_Notice
Idioma: ingles

Stargenetics

Descripción: StarGenetics es un simulador genético mendeliano, desarrollado en el MIT por la facultad de biología, investigadores y técnicos capacitados en el MIT. StarGenetics permite a los estudiantes simular experimentos de apareamiento entre organismos que son genéticamente diferentes en una serie de rasgos para analizar la naturaleza de los rasgos en cuestión. Su propósito es enseñar a los estudiantes sobre el diseño genético experimental y los conceptos genéticos.

Autor: http://star.mit.edu/genetics/

Sitio: http://star.mit.edu/genetics/

Email:

Arquitectura: 64 bit
Licencia: https://ncbi.github.io/cxx-toolkit/pages/ch_style#ch_style.Public_Domain_Notice
Idioma: ingles

VGLII

El Laboratorio de Genética Virtual VGLII (VGLII) es una simulación de transmisión genética que se aproxima, con la mayor precisión posible, al entorno de prueba para las hipótesis de investigación genética. En este laboratorio, los estudiantes combinan seres hipotéticos y examinan a los descendientes para determinar el mecanismo de heredar una característica particular. Al igual que en la presente investigación, no es posible ver la respuesta: el estudiante tiene que decidir por sí mismo cuando ha acumulado suficientes datos para estar seguro del patrón de este ser. El objetivo es ayudar a los estudiantes a comprender la lógica del análisis genético: cómo usar la cruz para determinar cómo se hereda un rasgo genético y cómo mejorar la comprensión de los mecanismos de transmisión de las características.

Autor: http://vgl.umb.edu/

Sitio: http://vgl.umb.edu/

e-mail:

Arquitectura: 64 bit
Licencia: GPL
Idioma: ingles

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