Biologie

 

Programe instalabile in secțiunea Biologie

 

BALLView

Descriere:  Rapid Prototyping Software poate reduce semnificativ timpii de cercetare în domeniul biologiei moleculare și ai modelării moleculare computaționale. BALL ( Biochemical Algoritmi Library) este un sistem de aplicații implementate în C ++, care a fost în mod specific proiectat cu acest scop. Acesta oferă un set extins de structuri de date, precum și clase pentru mecanică moleculară, metode de solvatare avansate, compararea și analiza structurilor proteinelor​​,  importul / exportul de fișiere și vizualizarea acestora.

Autor: Hans-Peter Lenhof, Oliver Kohlbacher, Andreas Hildebrandt

Site: http://www.ball-project.org/

Email:

Arhitectura: 32/64 bit
Licenta: GPL
Limba: Engleză

clustalx

Descriere:  ClustalX, este o versiunea GUI a lui Clustal W  ( în linie de comandă ), parte a unei serii de programe de calculator ( Clustal ) de largă utilizare în Bioinformatică, pentru alinierea multiplă a secvențelor.Versiunea curentă este X2 Clustal (Larkin și colab. , 2007).  Programul este conceput pentru: a efectua mai multe aliniamente, a vizualiza rezultatele procesului de aliniere, a îmbunătăți alinierea dacă este necesar. O schemă de colorare a secvenței permite utilizatorului să evidențieze caracteristicile conservate în aliniere. Meniuri pull-down oferă toate opțiunile necesare pentru toate MSA traditionale și de profil.

Autor: Gibson T. (EMBL), Thompson J. (CNRS), 1997

Site: http://www.molecularevolution.org/software/alignment/clustal

Email:

Arhitectura: 32/64 bit
Licenta: GPL
Limba: Engleză

Gwyddion

Descriere:  Gwyddion este un program modular pentru SPM ( scanare cu sondă microscopică ) pentru vizualizarea și analiza datelor. În primul rând este destinat pentru analiza câmpurilor înalte obținute prin tehnici de microscopie cu sondă de scanare ( AFM , MFM , STM , SNOM / NSOM ) și suportă o mulțime de formate de date SPM. Cu toate acestea , acesta poate fi utilizat, în general, în domeniul maxim al spectrului de absorbție redat în nuanțe de gri prin procesarea imaginii, de exemplu, pentru analiza datelor de  profilometrie sau hărți densimetrice de imagistica spectrofotometrică. Gwyddion lucreaza foarte bine pe  GNU/Linux, Microsoft Windows, Mac OS X si FreeBSD.

Autor: Department of Nanometrology, Czech Metrology Institute

Site: http://gwyddion.net/

Email: klapetek@gwyddion.net

Arhitectura: 32/64 bit
Licenta: GPL
Limba: Engleză

Cytoscape

Descriere:  Cytoscape este o platformă cu sursă deschisă pentru vizualizarea rețelelor căilor de interacțiune moleculară și biologice și completarea acestor rețele cu adnotări, profile de expresie genică și a altor date de stare. Deși Cytoscape a fost proiectat inițial pentru cercetare biologică, acum este o platformă generală pentru analiza rețelelor moleculare și vizualizare complexă. Distribuție de bază Cytoscape oferă un set de bază de caracteristici pentru integrarea datelor, analiză și vizualizare. Sunt disponibile funcții adiționale sub forma aplicațiilor (formal denumite programe de integrare ). Aplicațiile sunt disponibile pentru analiza profilului reticular si molecular, a unor noi caracteristici, pentru suport adițional de formate de fișiere, codare și conectare cu baze de date . Acestea pot fi realizate de oricine folosind API  Cytoscape bazat pe tehnologia Java ™ și dezvoltat de intrega comunitate.

Autor: Institute of Systems Biology

Site: http://www.cytoscape.org

Email:

Arhitectura: 32/64 bit
Licenta: GPL
Limba: Engleză

SeaView

Descriere:  SeaView este un editor grafic de alinieri de secvențe multiple dezvoltat de Manolo Gouy. SeaView este capabil să citească și să scrie diverse configurații ( NEXUS , MSF , Clustal , FASTA , PHYLIP , MASE ). Aceasta vă permite să editați manual alinierea, și , de asemenea, să rulați programe MSA DOT -Plot sau local pentru a îmbunătăți alinierea.

Autor: Manolo Gouy

Site: http://doua.prabi.fr/software/seaview

Email: mgouy@biomserv.univ-lyon1.fr

Arhitectura: 32/64 bit
Licenta: GPL
Limba: Engleză

Treeviewx

Descriere:  Treeviewx este este un program pentru afisarea arborilor filogenetici. Poate citi si afisa formate de fisiere NEXUS și Newick.Pentru cei care lucreaza cu filogeniile, TreeView este unul dintre puținele programe care pot îmbunătăți cu adevărat modul în care vă organizați și vizualizați fișierele.Afișrea arborelui e ușor de citit, suportă drag’n’drop, așa că, trageți fișierul din managerul de fișiere în interfața aplicației.Poate afișa doar un arbore în fereastră, cu denumirea în bara de stare, iar dacă aveți mai mulți arbori, puteți naviga cu butoanele ‘ Precedent ‘ și „ Următorul ”, dar și comanda „ Alegeti ” pentru a selecta arborele.

Autor: Roderic D. M. Page

Site: https://code.google.com/archive/p/treeviewx/

Email: r.page@bio.gla.ac.uk

Arhitectura: 32/64 bit
Licenta: GPL
Limba: Engleză

StarBiochem

Descriere:  StarBiochem este un vizualizator de proteine ​​3-D , care permite elevilor să învețe concepte-cheie cu privire la biologia proteinelor ​​într-un mod interactiv. Spre deosebire de programele tradiționale de simulare 3D a structurii proteinelor, care pot necesita instalare și expertiză tehnică semnificativă, StarBiochem este un vizualizator tridimensional al structurii proteinelor, ​​intuitiv, proiectat de studenți. Interfața cu utilizatorul StarBiochem a fost conceputa pentru a reprezenta vizual informatii structurale ale proteinelor ​​pe bază pe cele patru nivele diferite de structuri de proteine, care respectă modul în care va fi prezentat acest subiect în clasă și în manuale.

Autor: http://star.mit.edu

Site: http://star.mit.edu/biochem

Email:

Arhitectura: 32/64 bit
Licenta: GPL
Limba: Engleză

NCBI Genome Workbench

Descriere:  NCBI Genome Workbench este o aplicație integrată pentru vizualizarea și analizarea datelor de secvență . Cu Genome Workbench , puteți vizualiza datele din bazele de date de secvențe disponibile la NCBI public , și se amestecă aceste date cu propriile date private.

Autor: National Center for Biotechnology Information

Site: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/gbench/

Email:

Arhitectura: 64 bit
Licenta: GPL
Limba: Engleză

Biogenesis

Descriere:  Biogenesis este un program care simulează viața artificială și procesele implicate în evoluția organismelor . Prezinta colorate organisme bazate pe segmente care sufera mutatii si evolueaza intr-un mediu 2D . Biogenesis se bazează pe Life Primordial .

Autor: Joan Queralt Molina

Site: http://biogenesis.sourceforge.net/

Email: joanq@users.sourceforge.net

Arhitectura: 32/64 bit
Licenta: GPL
Limba: Engleză

Adun

Descriere: Adun este un nou program de simulare moleculară care include capacitățile de gestionare a datelor și de analiză. Ceea ce urmează este o trecere în revistă a principalelor noastre obiective pentru versiunea 1.0 a software-ului nostru. Aplicația de simulare moleculară Adun a fost proiectat de la zero pentru a satisface o gamă largă de utilizatori și nevoi. Adun oferă algoritmi avansați și protocoale pentru simulare moleculară, care pot fi accesate de la o interfață intuitivă. Acesta este construit pe cadrul Adun, care este o bibliotecă puternică pentru crearea și manipularea simulărilor. Cu toate acestea, merge dincolo de simulări performante prin incorporarea instrumente de analiză și de gestionare a datelor de simulare aswell ce oferă mecanisme care permit extinderea ușoară a abilităților sale. În multe sensuri Adun este pur și simplu o structură care poate incorpora orice instrumente de simulare moleculară, care îi permit un potențial aproape nelimitat pentru creștere.

Autor: Jordi Villà

Site: https://simtk.org/projects/adun

Email:

Arhitectura: 32/64 bit
Licenta: GPL
Limba: Engleză

Leave a Comment

Acest sit folosește Akismet pentru a reduce spamul. Află cum sunt procesate datele comentariilor tale.