Chimie

 

 

Programe instalabile in secțiunea Chimie

Bkchem

Descriere:  Bkchem este o aplicatie ușor de utilizat , care vă permite să desenati 2D compuși chimici simpli și structuri moleculare pe computer, fara a fi expert la desen ( om de știință, student ). Desen: actioneaza prin tragere catena cu catena putîndu-vă defini lungimea legaturilor și unghiurile cu precizie ( radicali, electroni liberi și ioni, ). Șabloane, ( trageți propriile diagrame moleculare ). Modificați culoarea moleculelor, adăugați adnotări și, desigur, proiectați propria grafică vectorială simplă ( poligoane, cercuri,săgeți drepte și curbe, etc ) folosind Sodipodi-Inkscape.Editare: aliniere, mod aliniere automată, scalare și rotire (2D și 3D), capabilități undo / redo ( mod nelimitat ).Exportă: formate PNG ( cu Pycairo instalat ), SVG, PDF, ODF, OpenOffice Draw, EPS (Encapsulated Postscript), Molfile, SMILES (stereochimia nu este acceptată), InChI (cu programul InChI).Căutare: fișiere BKChem pentru o moleculă sau un fragment dintr-o moleculă.

Autor: Beda Kosata

Site: http://bkchem.zirael.org/

Email: beda@zirael.org, rei4dan@gmail.com

Arhitectura: 32/64 bit
Licenta: GPL
Limba: Engleză

Chemtool

Descriere:  Chemtool, este o mică aplicație folosită in editarea 2D de structuri chimice. Chemtool  cuprinde numeroase tipuri de legături ( catene )- dublă, dublă centrată, triplă, cvadruplă, în formă de pană, pană punctată, linia ondulată, linie punctată largă, jumătate săgeată, și altele- deseneaza molecule organice ușor și le stochează ca fișiere bitmap X. Chemtool se bazează pe transfig ( Brian Smith’s ) pentru imprimare PostScript și exportarea  fișierelor în formate Xfig ( PicTeX și EPS ) sau sub formă de fișiere Postscript pentru adnotare ulterioară. Include un set de eșantioane cu structuri moleculare, un program ajutător ( CHT ) pentru a calcula suma formulei generale și masa moleculară exactă dintr- un fișier de desen chemtool.

Autor: Martin Kroeker, Radek Liboska, Michael Bank and Thomas Volk

Site: http://ruby.chemie.uni-freiburg.de/~martin/chemtool/chemtool.html

Email:  martin@ruby.chemie.uni-freiburg.de

Arhitectura: 32/64 bit
Licenta: GPL
Limba: Engleză

Gchempaint

Descriere:  GChemPaint este un  simplu editor- 2D de structuri chimice pentru desktop Gnome-2. Aveți posibilitatea să utilizați JChemPaint pentru a crea și edita fișiere de chimie conexe. GChemPaint este acum inclus in Gnome Chemistry . GChemPaint nu mai este dezvoltat ca proiect independent dar incepind cu versiunea.0.10.0. ( Septembrie 2008 )este integrat în Gnome Chemistry Utils. GChemPaint este scris in C++ dar nu foloseste Gtkmm.

Autor: Jean Brefort, Nestor Diaz

Site: http://www.nongnu.org/gchempaint

Email: jean.brefort@normalesup.org

Arhitectura: 32/64 bit
Licenta: GPL
Limba: Engleză

Gelemental

Descriere:  gElemental este un vizualizator de tabel periodic, care furnizează informații detaliate cu privire la elementele chimice. Permite elementelor să fie colorate tematic pe baza  celor mai multe proprietăți. Vizualizarea listă afișează informații cheie despre elemente si oricare dintre proprietățile suplimentare ale elementelor, și pot fi sortate dupa oricare dintre acestea.Caseta de dialog al proprietăților elementului afișează o varietate de informații, inclusiv istorice, termodinamice, electrochimice, și proprietăți cristalografice. (O listă completă de proprietăți este disponibilă.)Setul de date gElemental este actualizat ( derivat din surse academice citate ), disponibil prin intermediul bibliotecii libelemental partajat. Un modul Python, pyElemental, este de asemenea disponibil.. gElemental acceptă mai multe limbi. (A se vedea starea de traducere pentru o listă.)

Autor: Kevin Daughtridge

Site: http://www.kdau.com/projects/gelemental/

Email: kevin@kdau.com

Arhitectura: 32/64 bit
Licenta: GPL
Limba: Engleză

Jmol

Descriere:  Jmol este o aplicație Java standalone care ruleaza pe desktop pentru vizualizarea structurilor chimice in trei dimensiuni.

Autor: Robert M. Hanson

Site: http://jmol.sourceforge.net/

Email:

Arhitectura: 32/64 bit
Licenta: GPL
Limba: Engleză

Rasmol

Descriere:  RasMol este un program de grafica moleculară destinat vizualizarii proteinelor, acizilor nucleici și moleculelor mici. Programul are drept scop afișarea, de predarea ( în educație ) și generarea de imagini de calitate publicate.Programul citește într-un fișier coordonatele moleculei și afișează interactiv molecula pe ecran într-o varietate de scheme de culori și reprezentări moleculare.

Autor: Roger Sayle

Site: http://rasmol.org/

Email:

Arhitectura: 32/64 bit
Licenta: GPL
Limba: Engleză

Xmakemol

Descriere:  XMakemol este un program bazat pe mouse , scris cu ajutorul setului de instrumente LessTif , pentru vizualizarea și manipularea sistemelor atomice și a altor sisteme chimice . Acesta citește datele de intrare XYZ și generează atomi , legături chimice și legături de hidrogen .

Autor: Mathew P. Hodges

Site: http://www.nongnu.org/xmakemol/

Email:

Arhitectura: 32/64 bit
Licenta: GPL
Limba: Engleză

Avogadro

Descriere:  Avogadro este un editor molecular, proiectat pentru utilizarea  în chimia computațională, modelare moleculara, bioinformatica, stiinta materialelor, precum și alte domenii conexe.Cu Avogadro oamenii de știință și studenții pot să elaboreze compoziții moleculare tridimensionale, care prezintă o moleculă din orice unghi si perspectivă. Face manipularea moleculara 3D cât mai ușoară posibil, prin crearea propriilor structuri de culori, folosind butoanele mouse-ului și trăgând moleculele pe trei axe.Un instrument științific excelent, care permite o flexibilitate pentru cei care doresc să dezvolte plugin-uri, dar este destul de ușor pentru oricine să-l folosească.

Autor:

Site: http://avogadro.cc/

Email:

Arhitectura: 32/64 bit
Licenta: GPL
Limba: Engleză

Cain

Descriere:  Cain realizează simulări stocastice și deterministe ale reacțiilor chimice. Poate iniția mai multe procese de simulare pentru a utiliza computerele multi-nucleu. Stocheaza modele, parametri de simulare și rezultatele simulării într-un format XML. În plus, modelele SBML pot fi importate și exportate. Modelele și parametrii de simulare pot fi citiți din fișierele de intrare sau editate în cadrul programului.Cain este o aplicație utilă în calculul diferitelor situații din lumea reală, care implică multiple reacții în care intervin mai multe variabile aleatorii, prin simulare. Dar, nici un simulator nu va garanta un răspuns corect oricarui set de reacții.

Autor: Sean Mauch

Site: http://cain.sourceforge.net

Email:

Arhitectura: 32/64 bit
Licenta: GPL
Limba: Engleză

Easychem

Descriere:  EasyChem este un program conceput pentru a desena molecule chimice, scris pentru Linux și folosind GTK 2. Aici este cea mai recentă versiune, iar aici gasiți noi caracteristici – și ajutor (sperăm în curând). EasyChem, a fost dezvoltat de autor după folosirea altor instrumente Linux capabile sa deseneze structuri moleculare (  chemtool, xdrawchem, etc), dar care nu i-au dat satisfactie. EasyChem ar fi un pic mai greu de învățat, dar când il stapinesti, poti fi foarte rapid și cu o precizie foarte mare. De fapt, este la fel ca un instrument specializat de desen vectorial. Caracteristici: deseneaza foarte ușor ornamente (perechi de electroni ne- catenati, …), exportă EPS cu fonturi LaTeX (computer modern)

Autor: François-Xavier Coudert

Site: http://easychem.sourceforge.net/

Email: fxcoudert@gmail.com

Arhitectura: 32/64 bit
Licenta: GPL
Limba: Engleză

GDIS

Descriere:  GDIS este un program bazat pe GTK / OpenGL pentru afișarea și manipularea moleculelor izolate și a elementelor sistemului periodic . Este un program perfectibil, totuși destul de funcțional . Acesta are suport pentru mai multe tipuri de fisiere ( CIF, BIOSYM, XYZ, XTL, MARVIN ), poate folosi OpenGL, are instrumente grupate de vizualizare ( măsurători, structuri liniare, afișare spațială ), instrumente de editare utile, inclusiv transformari matriceale si de afisare a imaginilor seriale, are instrumente performante pentru generarea suprafețelor și a morfologiei cristaline, suport pentru animație BIOSYM. Dezvoltat initial pe RedHat ( platforma Linux ).

Autor: Sean Fleming

Site: http://gdis.seul.org/

Email: sean@power.curtin.edu.au

Arhitectura: 32/64 bit
Licenta: GPL
Limba: Engleză

Gperiodic

Descriere:  GPeriodic este o aplicație bazată pe sistemul periodic al elementelor. Acesta vă permite să răsfoiți printre elementele din tabelul periodic și să vizualizți informații detaliate despre fiecare dintre elementele . În momentul de față sunt prezentate 118 elemente .

Autor: Kyle R. Burton, Arno W. Peter s, Jon Abbott, Andrew Dalke, Georges Khaznadar, Mauricio Rivera, Christian Klein, Lalo Martins, Ambrogio Oliva, Jonas Frantz, Costantino Ceoldo

Site: http://gperiodic.seul.org/

Email: mortis@voicent.com,frantz@beam.helsinki.fi, antigone34@libero.it

Arhitectura: 32/64 bit
Licenta: GPL
Limba: Engleză

Pymol

Descriere:  PyMOL poate produce imagini 3D de înaltă calitate ale moleculelor mici și macromolecule biologice, cum ar fi proteinele. Conform autorului inițial, s-au făcut aproape un sfert din toate imaginile publicate ale structurilor de proteine 3D în literatura de specialitate, folosind PyMOL. PyMOL este una din puținele instrumente de vizualizare open-source disponibile pentru a fi utilizate în biologie structurală. Afișează, densitați, suprafețe, și traiectorii, include de asemenea editare moleculară , ray tracing , și filme.

Autor: Dr. Warren LyfordDeLano

Site: https://www.pymol.org/

Email: sales@schrodinger.com

Arhitectura: 32/64 bit
Licenta: GPL
Limba: Engleză

Kalzium

Descriere:  Kalzium este o aplicație care vă va arăta unele informații despre 103 elemente ale tabelului periodic al elementelor, inclusiv în masă, sarcină, imagine, informații descoperire, date chimice și de energie, precum și un model al atomului. Tabelul în sine poate fi configurat pentru a afișa numerație, starea de materie, și culoare de codificare în diferite moduri. In plus, un indice de data este disponibil, permițând doar elemente descoperite de până la un an definit pentru a fi afișate. Prin urmare, puteti folosi aplicatia ca o bază de date de informații.

Autor: Carsten Niehaus

Site: https://edu.kde.org/kalzium/

Email:  cniehaus@kde.org

Arhitectura: 32/64 bit
Licenta: GPL
Limba: Engleză

Viewmol

Descriere:  Viewmol este o interfață grafică de tip front-end pentru programe de chimie computațională . Acesta facilitează grafic generarea de structuri moleculare pentru calcule și pentru vizualizarea rezultatele lor . Viewmol a fost inițial dezvoltat  în grupul de chimie Quantum de la Universitatea Humboldt , alături de contribuția: Arne Dummer , Mariann Krossner , Andreas Bünger și Andries de Man . Viewmol a fost considerat un produs remarcabil la Premiile Softului Academic German / Austriac din 1993. Viewmol este dezvoltat pe Linux. Prin urmare, toate derivatele Unix ar putea funcționa.

Autor: Jörg- Rüdiger Hill, Andreas Bleiber

Site: http://viewmol.sourceforge.net/

Email:

Arhitectura: 32/64 bit
Licenta: GPL
Limba: Engleză

Leave a Comment

Acest sit folosește Akismet pentru a reduce spamul. Află cum sunt procesate datele comentariilor tale.