Biología

Programas instalables en la sección de biología.

BALLView

Descripción: el software Rapid Prototyping puede reducir significativamente el tiempo de investigación en el campo de la biología molecular y el modelado computacional molecular. BALL (Biblioteca de algoritmos bioquímicos) es un sistema de aplicación implementado en C ++ que se ha diseñado específicamente para este propósito. Proporciona un amplio conjunto de estructuras de datos, así como clases para mecánica molecular, métodos avanzados de resolución, comparación y análisis de estructuras de proteínas, importación / exportación de archivos y su visualización.

Autor: Hans-Peter Lenhof, Oliver Kohlbacher, Andreas Hildebrandt

Sitio: http://www.ball-project.org/

Email:

Arquitectura: 32/64 bit
Licencia: GPL
Idioma: ingles

ClustalX

Descripción: ClustalX, es una versión GUI de Clustal W (línea de comandos), parte de una amplia gama de software Clustal en Bioinformática para alineación múltiple de secuencias. La versión actual es X2 Clustal (Larkin y colab., 2007). El programa está diseñado para: Hacer más alineaciones, ver los resultados del proceso de alineación, mejorar la alineación si es necesario. Un esquema de colores de secuencia permite al usuario resaltar las características preservadas alineadas. Los menús desplegables ofrecen todas las opciones para todos los MSA tradicionales y de perfil.

Autor: Gibson T. (EMBL), Thompson J. (CNRS), 1997

Sitio: http://www.molecularevolution.org/software/alignment/clustal

Email:

Arquitectura: 32/64 bit
Licencia: GPL
Idioma: ingles

Gwyddion

Descripción: Gwyddion es un programa modular de SPM (sonda microscópica) para ver y analizar datos. Primero, está diseñado para análisis de campo alto mediante microscopía de sonda de barrido (AFM, MFM, STM, SNOM / NSOM) y admite una gran cantidad de formatos de datos SPM. Sin embargo, generalmente se puede utilizar en el rango de espectros de absorción en escala de grises mediante el procesamiento de imágenes, por ejemplo, para el análisis de datos de geometría de perfil o imágenes espectrofotométricas de imágenes densimétricas. Gwyddion funciona muy bien en GNU / Linux, Microsoft Windows, Mac OS X y FreeBSD.

Autor: Departamento de Nanometrología, Instituto Checo de Metrología.

Sitio: http://gwyddion.net/

Email: klapetek@gwyddion.net

Arquitectura: 32/64 bit
Licencia: GPL
Idioma: ingles

Cytoscape

Descripción: Cytoscape es una plataforma de código abierto para ver redes de vías de interacción molecular y biológica y completar estas redes con anotaciones, perfiles de expresión génica y otros datos de estado. Aunque Cytoscape fue diseñado originalmente para la investigación biológica, ahora es una plataforma general para el análisis de redes moleculares y la visualización compleja. Distribución básica Cytoscape ofrece un conjunto básico de características para la integración, el análisis y la visualización de datos. Las características adicionales están disponibles en forma de aplicaciones (formalmente llamados programas de integración). Las aplicaciones están disponibles para el análisis de perfiles transversales y moleculares, nuevas características, formatos de archivo adicionales, codificación y conexiones de base de datos. Cualquier persona puede hacer esto utilizando la API de Cytoscape basada en la tecnología Java ™ y desarrollada por toda la comunidad.

Autor: Instituto de Biología de Sistemas.

Sitio: http://www.cytoscape.org

Email:

Arquitectura: 32/64 bit
Licencia: GPL
Idioma: ingles

SeaView

Descripción: SeaView es un editor gráfico de alineaciones de secuencias múltiples desarrollado por Manolo Gouy. SeaView puede leer y escribir varias configuraciones (NEXUS, MSF, Clustal, FASTA, PHYLIP, MASE). Le permite editar manualmente la alineación y también ejecutar MSA DOT – Block o programas locales para mejorar la alineación.

Autor: Manolo Gouy

Sitio: http://doua.prabi.fr/software/seaview

Email: mgouy@biomserv.univ-lyon1.fr

Arquitectura: 32/64 bit
Licencia: GPL
Idioma: ingles

Treeviewx

Descripción: Treeviewx es un programa para mostrar árboles filogenéticos. Puede leer y mostrar los formatos de archivo NEXUS y Newick. Para quienes trabajan con phlogies, TreeView es uno de los pocos programas que puede mejorar realmente la forma en que organiza y ve los archivos. La vista de árbol es fácil de leer y admite la función de arrastrar y soltar. suelte, arrastre el archivo desde el administrador de archivos a la interfaz de la aplicación. Puede mostrar solo un árbol en la ventana con el nombre en la barra de estado, y si tiene varios árboles, puede navegar con los botones ‘Anterior’ y ‘Siguiente’, pero y el comando “Elegir” para seleccionar el árbol.

Autor: Roderic D. M. Página

Sitio: https://code.google.com/archive/p/treeviewx/

Email: r.page@bio.gla.ac.uk

Arquitectura: 32/64 bit
Licencia: GPL
Idioma: ingles

StarBiochem

Descripción: StarBiochem es un visor de proteínas en 3D que les permite a los estudiantes aprender conceptos clave sobre biología de proteínas de una manera interactiva. A diferencia de los programas tradicionales de simulación de proteínas en 3D, que pueden requerir instalación y una gran experiencia técnica, StarBiochem es un visualizador tridimensional, intuitivo, basado en proteínas, diseñado por estudiantes. La interfaz de usuario de StarBiochem ha sido diseñada para representar información de proteínas visualmente estructural basada en los cuatro niveles diferentes de estructuras de proteínas, respetando cómo se presentará este tema en el aula y los libros de texto.

Autor: http://star.mit.edu

Sitio: http://star.mit.edu/biochem

Email:

Arquitectura: 32/64 bit
Licencia: GPL
Idioma: ingles

NCBI Genome Workbench

Descripción: NCBI Genome Workbench es una aplicación integrada para ver y analizar datos de secuencia. Con Genome Workbench, puede ver los datos de la base de datos de secuencias disponibles para el NCBI público y combinar estos datos con sus propios datos privados.

Autor: Centro Nacional de Información Biotecnológica.

Sitio: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/gbench/

Email:

Arquitectura de 64 bits
Licencia: GPL
Idioma: ingles

Biogénesis

Descripción: La biogénesis es un programa que simula la vida artificial y los procesos involucrados en la evolución de los organismos. Presenta organismos de colores basados ​​en segmentos mutados y en evolución en un entorno 2D. La biogénesis se basa en la vida primordial.

Autor: Joan Queralt Molina

Sitio: http://biogenesis.sourceforge.net/

Email: joanq@users.sourceforge.net

Arquitectura: 32/64 bit
Licencia: GPL
Idioma: ingles

Adun

Descripción: Adun es un nuevo programa de simulación molecular que incluye capacidades de gestión y análisis de datos. Lo siguiente es una revisión de nuestros objetivos principales para la versión 1.0 de nuestro software. La aplicación de simulación molecular Adun ha sido diseñada desde cero para satisfacer una amplia gama de usuarios y necesidades. Adun ofrece algoritmos avanzados y protocolos de simulación molecular a los que se puede acceder desde una interfaz intuitiva. Está construido en el marco de Adun, que es una biblioteca potente para crear y manipular simulaciones. Sin embargo, va más allá de realizar simulaciones al incorporar herramientas de análisis y gestión de datos de simulación, que proporcionan mecanismos que permiten una fácil expansión de sus capacidades. En muchos sentidos, Adun es simplemente una estructura que puede incorporar cualquier herramienta de simulación molecular que le dé un potencial de crecimiento casi ilimitado.

Autor: Jordi Villà.

Sitio: https://simtk.org/projects/adun

Email:

Arquitectura: 32/64 bit
Licencia: GPL
Idioma: ingles

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